José Patiño se trasladó a Cádiz, donde le fue confiada la organización de una flota para la conquista de Cerdeña, y después de Sicilia.

Patiño inició la reconstrucción de la Marina española. Intentó levantar el sitio de Ceuta y abogó por Cádiz en el pleito que le oponía a Sevilla en el control del comercio Indiano.

Reinstalado en el trono Felipe V, en 1725 Patiño fue destituido de sus cargos por Johan Willem Ripperdá (Secretario de Estado, de Hacienda, de Guerra y Marina).

A la caída de Ripperdá en 1726, José Patiño fue nombrado Secretario de Marina e Indias, y poco después, Ministro de Hacienda.

Tuvo que conciliar la recuperación interior, poniendo orden en la Hacienda Pública y mejorando el sistema comercial indiano, con los deseos de Isabel de Farnesio de conseguir tronos en Italia para sus hijos.

En política exterior, en 1727 logró levantar el sitio de Ceuta.
En 1729 firmó el Tratado de Sevilla, gracias al cual Gran Bretaña lograba ventajas comerciales con América y el infante don Carlos (futuro Carlos III) conseguía los Ducados de Parma y Piacenza

En 1730 fue nombrado Secretario de Guerra.

En 1732, después de organizar la escuadra del Duque de Montemar y de Blas de Lezo, se reconquistó Orán.

A la muerte del Rey de Polonia se inició un forcejeo por la sucesión.
El 7 de noviembre de 1733 se firmó un Pacto de Familia con Francia, con una dura alianza franco-española, se obtenía el trono de Nápoles para el infante Carlos, enfrentando a España con Austria y Gran Bretaña.

En 1734 José Patiño fue nombrado Secretario de Estado, con lo que acumuló en sus manos todas las carteras.