Fue el fundador de la Escuela Moderna y quien introdujo en España el racionalismo pedagógico.
Sus ideas librepensadoras le llevaron pronto al anarquismo, tendencia en la que desarrolló una gran actividad como agitador y revolucionario.
Se caracterizó siempre por la vehemencia con que difundió sus mensajes anticlericales.
En 1879 trabajó como revisor de las líneas ferroviarias que unían Barcelona con Francia, lo que le convirtió en el correo que aseguraba el contacto entre los revolucionarios españoles y el exiliado presidente del gobierno republicano Manuel Ruiz Zorrilla.
En 1886 participó en el pronunciamiento republicano de  Santa Coloma de Fernés. Después del fallido intento, tuvo que exiliarse a París.

En París desarrollo su vocación pedagógica y desarrolló una brillante carrera al frente de la escuela laica que él mismo había fundado.

En el exilio francés, se relacionó con los más destacados líderes anarquistas del momento, como Elisée Reclus, Malato y Piotr Kropotkin y fue amasando una considerable fortuna.

Francesc Ferrer i Guárdia ingresó en una de las ramas de la masonería francesa 'Le Grand Orient de France'.

En 1901 regresó a España, y gracias a una sustanciosa herencia de una anciana parisiense que había sido alumna suya, se instaló en Barcelona, creó la Escuela Moderna y fue editor del periódico anarquista 'La Huelga General', labor con la que contribuyó notablemente al fortalecimiento del sindicalismo anarquista catalán.

Sus operaciones en Bolsa no fueron bien vistas por las bases del anarquismo revolucionario, a pesar de que los beneficios se utilizaron para financiar algunas importantes acciones armadas (como el atentado en París contra Alfonso XIII en 1905 y el frustrado regicidio que protagonizó Mateo Morral en Madrid el 12 de abril de 1906).
Después del suicidio de Morral, Francesc Ferrer fue declarado cómplice de la intentona regicida, pero quedó en libertad en 1907 al no encontrarse pruebas concluyentes.

En 1907 fue clausurada la Escuela Moderna por orden gubernamental.  
Se trasladó a París para colaborar con anarquistas relevantes en la Fundación 'Ligue Internacionale pour l´education rationale de l´enfance'.
El objetivo principal de la 'Liga' fue continuar en Europa la obra pedagógica iniciada por Ferrer en Barcelona.
Se creó un Comité Internacional, presidido por el propio Ferrer i Guárdia, así como la fundación de una revista 'La Escuela Laica' cortada por el mismo patrón ideológico.

La proximidad de Ferrer i Guárdia con elementos revolucionarios sindicalistas de Barcelona le fue alejando del jefe de los republicanos radicales Alejandro Lerroux.

Ferrer i Guárdia fue relacionado con la 'Semana Trágica de Barcelona', e incluso se le responsabilizó de los violentos hechos que durante aquellos días se sucedieron, aunque había permanecido todo el tiempo en su finca de Montgat.