De regreso a España, los Reyes Católicos le nombran capellán real.

A partir de 1493 rodeándose de grandes mandatarios, comenzó una actividad de compraventa de títulos y bienes incrementando considerablemente su patrimonio.

Cuando el 26 de noviembre de 1504 murió la reina Isabel la Católica, Acuña actúa en Roma como embajador del archiduque don Felipe, en contra de los intereses de Fernando el Católico.

En 1504 tras la muerte del obispo de Zamora don Diego Meléndez, el papa Julio II nombró a Acuña en el cargo.
Sus primeras actuaciones en la mitra zamorana fueron encaminadas a tomar la fortaleza de Fermoselle y las villas del obispado, infiltrar gente de su confianza en el Cabildo y reclutar un ejército.
Como respuesta a su afán de poder, los componentes del Consejo envían a Zamora al juez Ronquillo para frenar sus desmanes. El obispo Acuña respondió secuestrando al juez, que tuvo que ser liberado por tropas de la corona.

Amparado por el papa Julio II, el obispo Acuña iba agrandando su poder, llegando a estar incontrolado hasta para la propia reina Juana.
En 1507 entró definitivamente en Zamora sin ninguna oposición, sembrando reyertas y esquilmando el dinero de las Iglesias.

En 1512 el obispo Acuña ayudó al rey Fernando en la conquista de Navarra.

En 1520 comienzan los disturbios populares en contra del rey Carlos I.
El 29 de julio de 1520 se constituye en Ávila la Junta de Comuneros, se rompe institucionalmente con Carlos I, se nombró a Juan de Padilla como capitán general, y se organizó la rebelión y todo lo concerniente con el gobierno de Castilla.
La Junta Comunera se erigió en el Gobierno legítimo. Se crearon Tribunales de Justicia, se organizó la Administración, se impulsó la política económica y se formó una milicia armada.

En este clima, el cardenal Adriano de Utrecht ofrece la paz a la Junta, a lo que se le contestó con la amenaza de entrar en Medina del Rioseco (Cuartel General de los realistas) y ahorcar a los miembros del Consejo Real.
El 31 de octubre de 1521 se declara la guerra a la Junta.

Por otra parte, dentro de la Junta Comunera crecían las contradicciones internas (las ciudades frente al campo, patricios frente a plebeyos, etc.). Gran número de nobles abandonaron y ello decidió la guerra.

En Zamora la rebelión comunera comienza con don Pedro Lasso en el convento de San Francisco, el obispo Acuña se declaró comunero.

El 7 de diciembre de 1520, el obispo Acuña, Pedro Lasso y Pedro Girón, entraron en Valladolid. Se constituyó Junta de Comuneros, nombrando a don Pedro Girón como capitán general del ejército comunero.

El cardenal regente Adriano de Utrecht logró juntar un ejército para pelear contra los comuneros, gracias a que el virrey de Navarra proporcionó las tropas y el rey de Portugal el dinero, se puso al mando del ejército realista al conde de Haro.

La falta de capacidad organizativa, unidas a las traiciones de Pedro Girón, que mandaba el ejército popular, y de Pedro Lasso, que defendía a Valladolid, ocasionaron que Padilla regresara a Valladolid el 31 de diciembre de 1520 con un nuevo ejército toledano.

En los comienzos de 1521 los ejércitos comuneros consiguen grandes victorias,
Acuña saliendo victorioso de varías reyertas, llegó a dominar Tierra de Campos.
Juan Bravo conquistó Zaratán y Simancas.
Las milicias comuneras, dirigidas por Juan de Padilla, tomaron Ampudia y la aldea de Torrelobatón perteneciente a la jurisdicción de Fadrique Enríquez. Las tropas quedaron emplazadas, sin continuar hasta Medina de Rioseco.

El 23 de abril de 1521 tuvo lugar la decisiva batalla de Villalar, las tropas imperiales al mando del conde de Haro vencieron al ejército comunero.
Hechos prisioneros los cabecillas comuneros, Juan de Padilla, Juan Bravo y Francisco Maldonado, fueron decapitados en Villalar el 24 de abril de 1521.
Han sobrevivido a la historia las palabras que dirigió Juan de Padilla a Juan Bravo antes de morir:
'Señor Bravo, ayer era día de pelear como caballero, hoy es día de morir como cristiano'.

Después de la derrota de Villalar, el movimiento comunero se desintegró, y las ciudades castellanas capitularon una tras otra.

Mientras que Juan Padilla combatía a las tropas realistas en campos vallisoletanos,  María Pacheco se encargó de gobernar Toledo hasta la llegada del obispo Acuña el 29 de marzo de 1521.
A partir de este momento, el gobierno de Toledo fue compartido con una gran rivalidad entre los dos personajes que deseaban la mitra toledana, María Pacheco para su hermano Francisco de Mendoza.

Al recibir las noticias de la batalla de Villalar, el obispo Acuña huye intentando llegar a Francia. Hecho prisionero, el 24 de mayo de 1521 es conducido a la prisión del castillo de Navarrete y en 1522 trasladado a la prisión del castillo de Simancas.

El proceso del obispo Acuña se prolongó durante cinco años, sin que valiera para nada el haber sido absuelto por el papa Adriano VI.
Acuña desesperado trató de huir de la prisión de Simancas dando muerte al alcaide. El emperador Carlos V envió al alcalde Ronquillo como legado especial, quién le condenó a morir a garrote.
El obispo Acuña fue ejecutado el viernes santo de 1526.