Por hallazgos arqueológicos la zona de Albarracín estuvo habitada por los celtíberos lobetanos con capital en Lobetum, los visigodos que llamaron a la población Santa María de Oriente (de esta época queda la reformada Iglesia de Santa María), y los romanos (antigua Arcóbriga). Los orígenes de su historia se origina al desmembrarse el Califato de Córdoba, sobre 1010 la familia bereber Banu-Razin se erigen en dominadores de un Reino Taifa.
Los almorávides se hicieron con el control taifa en 1104, el emir Yusuf ibn Tašhfin ejerció un duro gobierno desde Valencia (Balansiya).
Los almorávides fueron expulsados de España en 1145, el último emir de la dinastía bereber de los almorávides que mantuvo el control sobre Albarracín fue Ishaq ibn Ali. El control de la zona oriental del Al-Ándalus pasó a manos de los muladíes, Abu Abdallah Mohamed ben Merdanis, conocido como el rey Lobo de Murcia o el Rey Lope.
En 1170 el noble navarro Pedro Ruiz de Azagra se convierte en 'Señor de Albarracín' mediante un pacto con el Rey Lobo de Murcia, en 1172 nace el Obispado de Albarracín (dependiente del Arzobispado de Toledo).
La familia de los Ruiz de Azagra consiguió que Albarracín fuera territorio independiente de Castilla y Aragón. Con Fernando Ruiz de Azagra 'III Señor de Albarracín' la ciudad quedó bajo la tutela de la Orden de Santiago mientras que alcanzase la mayoría de edad.
Al 'IV Señor de Albarracín', Alvar Pérez de Azagra, le sucedió su hija Teresa Álvarez de Azagra, casada con el noble castellano Juan Nuñez I de Lara 'El Gordo', que se alió con los franceses en la Cruzada Aragonesa (declarada por el papa Martín IV contra Pedro III de Aragón, hijo de Jaime I 'El Conquistador' y de Violante de Hungría), siendo derrotado por Pedro III 'El Grande', que sometió el Señorío de Albarracín al dominio aragonés en 1284.
El 'Señorío de Albarracín' fue heredado por Fernando de Aragón (hijo ilegitimo de Pedro III e Inés Zapata). El rey Jaime II 'El Justo' incorpora las tierras al realengo aragonés y da a Albarracín el título de ciudad (1300) y el segundo lugar en las Cortes del Reino.
En 1327 accedió al trono Alfonso IV 'El Benigno', segundo hijo de Jaime II y de Blanca de Anjou, entregando Albarracín en dote en 1329 a Leonor de Castilla (hija del rey castellano-leonés Fernado IV 'El Emplazado' y de Constanza de Portugal, hermana del rey castellano-leonés Alfonso XI 'El Justiciero') para evitar nuevos enfrentamientos entre las coronas.
Con la muerte de Alfonso IV (1336), Leonor de Castilla se refugia en Albarracín con su hijo, el infante Fernando, temiendo represalias del rey aragonés Pedro IV 'El Ceremonioso' (hijo de Alfonso IV y de Teresa de Entenza).
La firme actitud de Castilla obligó a Pedro IV a respetar el statu quo, aunque el 'Señorío de Albarracín' intervino en todas las revueltas promovidas contra la corona aragonesa, entre otras, la derrotada de la Unión aragonesa contra Pedro IV, batalla de Épila (21 de julio de 1348).
La violencia se fue acrecentando tras la alianza entre Pedro IV de Aragón y el infante Enrique de Trastámara (hijo de Alfonso XI y Leonor de Guzmán, después Enrique II 'El Bastardo', primer monarca de la casa de Trastámara) aspirante al trono castellano de Pedro I 'El Cruel' (hijo de Alfonso XI y María de Portugal).
El rey castellano Pedro I invadió en 1356 tierras aragonesas, siendo asesinado en su refugio del castillo de Montiel el 23 de marzo de 1369 por su hermanastro Enrique, ayudado por Beltrán Duguesclin (héroe de la Guerra de los Cien Años).
Las gentes de Albarracín, con la confrontación abierta entre las dos coronas, decidieron que el Señorío recayera sobre la viuda, Inés de Portugal.
En 1379, Pedro IV logró incorporar la ciudad de Albarracín y su comunidad a la corona aragonesa, previo el Pacto de Fraga que le obliga a jurar los Fueros de Albarracín, según los cuales la ciudad conservaba una gran independencia administrativa. - La legislación se adapta a la de Teruel, de modo que el 'Fuero de Albarracín' es el 'Fuero de Teruel', conocido como 'Fueros de Sepúlveda' -.
Albarracín sigue en continua lucha en defensa de sus Fueros hasta que en 1598, reinando Felipe II, renuncia a la foralidad propia, incorporándose a los Fueros Generales de Aragón.
Con el Decreto de Nueva Planta de Felipe V (29 de junio de 1707) el régimen foral aragonés se unificó con el resto de España. Tras el decreto, Albarracín fue gobernado por un Corregidor nombrado por el rey.